3.13.1 CTC/Modelado Molecular y Simulación

Principios de la mecánica molecular y simulaciones de dinámica molecular para estudiar la estructura y el movimiento de sistemas químicos y biológicos complejos.
Temas:
Core

• Funciones de energía potencial de campo de fuerza: términos de enlace, ángulo, torsión e interacciones no enlazantes
• Dinámica molecular: algoritmos de integración numérica, condiciones de frontera periódicas y termostatos
• Métodos de Monte Carlo para el muestreo conformacional: criterio de Metropolis y muestreo por importancia
• Modelos de solvatación implícitos y explícitos para simulaciones en fase líquida
• Perturbación de energía libre e integración termodinámica para la estimación de afinidades de unión relativas

Aprendizaje esperado (Learning Outcomes):
Core:

1. Describir los componentes de un campo de fuerza de mecánica molecular estándar y la interpretación física de cada término de energía [Familiarizarse]
2. Configurar y ejecutar una simulación de dinámica molecular, monitoreando la conservación de energía, la equilibración de temperatura y los observables estructurales [Usar]
3. Evaluar la estabilidad y convergencia de una trayectoria de dinámica molecular usando RMSD, perfiles de energía y observables termodinámicos [Evaluar]